Следующие семь лет отец и дочь жили вдвоем. Карпа Осиповича не стало 16 февраля 1988 года. Оставшись одна, Агафья попыталась наладить контакты с родственниками, но отношения с людьми, с которыми она никогда не виделась, не сложились. В 1990-м Лыкова перебралась в старообрядческий женский монастырь, но не смогла найти общий язык и с монахинями, поэтому вернулась к себе.
С тех пор Агафья практически безвылазно живет в родовом «имении» Лыковых. Сегодня ей 76 лет.
В последние годы к ней регулярно наведываются путешественники, журналисты, волонтеры, писатели, паломники, так что от одиночества женщина не страдает. О Лыковой заботится и правительство: ей постоянно поставляются продукты и все необходимое, а также оказывается медицинская помощь.
В ноябре 2019-го у Агафьи отыскался племянник, который прилетел к ней познакомиться. А несколько недель назад стало известно, что миллиардер Олег Дерипаска не только помог доставить Лыковой на вертолете продукты и вещи, но и решил построить ей новый дом. Как оказалось, Агафья сама попросила помощи, и предприниматель не отказал. Представители Дерипаски сообщили, что уже готов проект нового строения. Материалы в тот район тайги можно доставить только по реке, но и этот затратный вопрос миллиардер взял на себя.