Курсы велись по сокращенной программе светилычетыре года. Было решено, что женщинам не нужно преподавание древних языков, а курсы хирургии, нервных и глазных болезней были сокращены в пользу акушерства, гинекологии и детских болезней.
Преподавали женщинам настоящие легенды — Иван Сеченов, Николай Склифосовский, Антон Красовский и Карл Раухфус. Но после окончания учебы слушательницы могли получать лишь временные свидетельства о прохождении учебы. К тому же, их имена не вносились в список врачей, имеющих право на свою практику.
Эта юридическая неопределенность ставила женщин-врачей в полную зависимость от случая и произвола чиновников. Выпускницы попадали на места акушерок и фельдшериц, да и то лишь благодаря своей настойчивости.
Шабанова, специализировавшаяся в области педиатрии, после окончания курсов в качестве исключения была назначена ассистентом главного врача детской больницы принца Петра Ольденбургского профессора Карла Раухфуса. Параллельно она читала курс гигиены в женских гимназиях и в Смольном институте, вела частную практику, а еще боролась с бюрократией, пытаясь добиться разрешения на врачебную практику для всех женщин.
Все свободное время «модный врач» Шабанова, а именно такой статус она заслужила за свою позицию, посвящала общественной деятельности и искоренению несправедливости. В 1887 году Анна потребовала разрешить женщинам-врачам работать ординаторами при госпиталях. Затем, в 1880-м, предложила ввести для женщин нагрудный знак с аббревиатурой «ЖВ» — женщина-врач.
Это было настоящим прорывом, ведь подобный знак сразу поднимал женщину в медицинской иерархии. Только благодаря ему врачи-фельдшеры соглашались исполнять полученные указания. То есть, формально удостоверялся приоритет образования над полом. Эта идея неожиданно пришлась по душе императору Александру II. Но всего через три года министр внутренних дел Дмитрий Толстов попытался сдать назад, упразднив женский статус до «ученых акушерок», тем самым формально понизив их в медицинской иерархии.
Принять и смириться с подобным положением дел было невозможно. И снова Шабанова взяла ситуацию в свои руки. Она добилась встречи с министром двора Илларионом Воронцовым-Дашковым и передала ему докладную записку с объяснением, почему женщины-врачи не могут принять этот статус.
«Умаляющий их профессиональные достижения и не соответствующий действительности», — говорилось в документе.
Спустя месяц справедливость восторжествовала, и решение Толстого было отменено. Шабанова называла это событие «победой над самым могущественным министерством России».